El Instituto de Educación Superior Tecnológico Público "Rioja" inició su historia en el año 1982, cuando el Frente de Defensa de los Intereses de Rioja (FEDIR) presentó a la Dirección Departamental de Educación un proyecto destinado a la creación de un instituto superior en la provincia.

Tras cuatro años de espera, en 1986 se publicó en el diario oficial El Peruano la resolución que creaba el Instituto Superior Tecnológico del Alto Mayo, sin especificar inicialmente una sede. Posteriormente, se determinó que la sede sería la ciudad de Moyobamba. Sin embargo, gracias a la iniciativa de las autoridades, instituciones locales y la población organizada de la provincia de Rioja, se gestionaron esfuerzos conjuntos que lograron establecer el instituto en la ciudad de Rioja. Con la Resolución Ministerial N.° 167-86-ED, del 14 de abril de 1986, se creó oficialmente el Instituto Superior Tecnológico "Rioja", iniciando con las carreras de Agropecuaria, Mecánica Automotriz y Enfermería Técnica.

El 1 de junio de 1986, el gobierno central designó al profesor Juan Pompeyo Monroe Martínez como director encargado, quien organizó el primer proceso de admisión. Las labores académicas comenzaron el 17 de agosto del mismo año en el local donde actualmente se encuentra la Institución Educativa "Santo Toribio".

La Municipalidad Provincial de Rioja, liderada por el profesor Víctor Raúl Haya Morí, donó un terreno ubicado en el kilómetro 1.5 de la carretera Rioja - Pósic. En 1988, el CTAR San Martín financió la construcción de siete ambientes de material noble para el funcionamiento del instituto. En años posteriores, el Instituto amplió su oferta académica, incorporando nuevas carreras como Secretariado Ejecutivo en 1992, Guía Oficial de Turismo e Industrias Alimentarias en 1996, y Laboratorio Clínico en 1997.

En 2004, el instituto inició un proceso de revalidación institucional, culminando en 2005 con la Resolución Directoral N.° 099-2005-ED, que revalidó las carreras de Enfermería Técnica, Secretariado Ejecutivo, Mecánica Automotriz y Producción Agropecuaria.

Entre 2013 y 2017, se ejecutó el convenio "Educación para el Empleo" (EPE), en colaboración con la Cooperación Canadiense y los institutos NorQuest College y Olds College, fortaleciendo la educación técnica mediante la capacitación docente y la implementación de módulos especializados en la carrera de Industrias Alimentarias.

En julio de 2019, el instituto obtuvo financiamiento a través del Programa para la Mejora de la Calidad y Pertinencia de los Servicios de Educación Superior Universitaria y Tecnológica a Nivel Nacional (PMESUT) para la actualización tecnológica, la adquisición de equipamiento especializado y la habilitación de áreas para los programas de Mecánica Automotriz y Producción Agropecuaria.

En septiembre de 2019, se inauguró la nueva infraestructura, cuya construcción tuvo una inversión de 15.5 millones de soles. Durante los años 2020 y 2021, se actualizaron los planes de estudio de los cinco programas académicos, implementándose en 2021 y 2022.

Desde 2022, el instituto ha retomado la formación académica presencial y trabaja constantemente en cerrar las brechas para cumplir con las condiciones básicas de calidad requeridas en el proceso de licenciamiento, consolidándose como una institución clave para el desarrollo educativo y profesional en la región.